Der Ursprung von „Navis“ ist umstritten und hat entweder germanische oder lateinische Wurzeln. Durch Funde von Münzen im vorderen Ortsteil konnte sogar die Anwesenheit von Römern nachgewiesen werden. Das Navistal diente lange als Weide- und Almgebiet und wurde erst im 13. Jahrhundert dauerbesiedelt.
Einer der erfolgreichsten Kirchenarchitekten Tirols – Franz de Paula Penz (1707-1772) wurde als Bauernsohn in Navis geboren. Außerdem ist das Kirchlein St. Katharina mit der Burgkapelle von Aufenstein am Taleingang bekannt für seine alten Fresken.
Der inoffizielle Beiname der Ortschaft "Tal der Liebe" entstand, als viele Pest geplagte Innsbrucker auf ihrer Flucht in dem Tal aufgenommen wurden. Auch heute ist die Hilfsbereitschaft im Tal für die Einwohner selbstverständlich.